Dilantik ke jawatan Ketua Menteri pada Mac, 2003, dan kemudiannya terpaksa melepaskan jawatan tersebut pada 12 Mei, 2018, kerana tindakan pengkhinatan daripada beberapa ADUN parti yang berjuang bersama beliau.
Sejak tidak lagi menjawat Ketua Menteri, Musa meletakkan dirinya sebagai mantan pemimpin “low profile” walaupun pada Julai, 2020, nama beliau bangkit semula, apabila mengetuai 31 ADUN Sabah menyebabkan kerajaan Sabah yang diketuai Datuk Shafie Apdal kehilangan sokongan, dan membuka jalan pada PRN ke-16 Sabah pada September tahun yang sama.
Musa semasa era pemerintahan beliau telah meletakkan halatuju Sabah, dan kini, halatuju tersebut menjadi landasan pada Sabah Maju Jaya (SMJ).
Halatuju Sabah yang dilancarkan pada tahun 2003, telah menggariskan bahawa Sabah meletakkan diri sebagai negeri maju pada tahun 2025. Tahun yang sama digunakan bagi tempoh masa SMJ.
Seorang yang berlatar belakang sebagai ahli perniagaan sebelum mencebur diri dalam dunia politik pada tahun 1990, atas permintaan Bapa Kemerdekaan Sabah- Allahyarham Tun Mustapha Datu Harun, telah melakar kemajuan dan pembangunan Sabah yang begitu pantas, sehinggakan beliau mendapat gelaran Bapa Pembangunan Moden Sabah.
Semasa era Musa, kekayaan sumber semulajadi bagi Sabah seperti kayu balak, tidak lagi menjadi primadona sumber pendapatan negeri, kerana keluasan sumber hutan sudah merosot dengan teruknya. Pada era beliau, kawasan hutan negeri hanya berbaki kurang 1 juta hektar, atau tepatnya hanya 838 ribu hektar. Melihat baki kawasan hutan yang sudah sedikit, maka jika diteruskan kegiatan pembalakan, maka kawasan hutan Sabah bakal hilang, dan seterusnya generasi akan datang, hanya akan melihat khazanah negeri tersebut menerusi gambar-gambar di muzium.
Tindakan perlu dilakukan, untuk menghalang kawasan hutan negeri tidak pupus. Pada tahun 2006, kerajaan negeri telah memutuskan memansuhkan pengeluaran lesen-lesen pembalakan, dan pada masa menggariskan, kawasan hutan kekal Sabah perlu mencapai 30% daripada keluasan negeri.
Kerana tindakan kerajaan tersebut, pada akhir tahun 2017, keluasan hutan kekal Sabah telah mencapai 1.87 juta hektar, meningkat lebih sejuta hektar dalam tempoh masa 14 tahun. Dengan peningkatan tersebut, dengan sendirinya telah menjawab tuduhan berbagai pihak, bahawa kerajaan beliau telah melakukan penebangan kayu balak tanpa kawalan.
Tidak mensasarkan pendapatan negeri menerusi pembalakan, tidak menghalang pendapatan negeri terus meningkat, malah, pendapatan negeri terus mencatit rekod, sehingga melepasi angka RM4bilion pada tahun 2012. Manakala KDNK Sabah bergerak laju daripada di bawah RM40bilion meningkat ke paras di atas RM80bilion.
Kini, landasan yang diletakkan kerajaan era beliau, telah menghasilkan kutipan hasil negeri melepasi angka RM5bilion pada tahun 2021, dan angka itu akan terus meningkat di bawah kerajaan GRS-BN, memandangkan aktiviti ekonomi menerusi SMJ juga mempunyai kelajuan seperti semasa Halatuju Sabah.
Rakyat Sabah patut bersyukur apabila mempunyai pemimpin yang melihat jauh ke hadapan untuk memajukan rakyat dan negeri.
Sementara Musa telah mencatit legasi tersendiri, di masa hadapan juga, Hajiji akan serupa. Sama-sama kita lihat kesudahannya.